李舜臣统率的朝鲜水军的行动卓有成效，曾多次重创敌舰队，粉碎了日本陆海合击的计划。日本入侵前，朝鲜水军共有四支独立舰队，其中有两支在战争刚一开始就损失了。只有李舜臣统辖的有85艘战舰的舰队，在陆军的支援下抗击日本舰队。6月初，这支舰队从自己的基地丽水出发，发现约50艘日本舰船泊在巨济岛东岸，便进行攻击，击沉其中的26艘。朝鲜舰队途经合浦港时，击沉日本大型战舰5艘，攻击赤珍浦港时又击毁11艘。日军有生力量遭到重大损失。在这些战斗中，李舜臣的舰只无一损失。1592年7月9日，在李玉金的第4舰队的协同下，李舜臣在南海岛以北的泗川湾，击毁日本大型战舰12艘。在这次交战中，朝鲜人首次使用了复盖铁板的战舰——“龟船”，此种战船不易被敌炮火击伤，而且配有强大火力，又具有高度机动性。此后不久，李舜臣统率了整个朝鲜水军，对日本舰队进行了多次连续突击。1592年11月，李舜臣在釜山地区又取得了辉煌胜利。这次发现釜山地区聚集了日本的主力(470余艘舰船)后，李舜臣命令自己的舰船开向那里，龟船航行在第一线。当朝鲜水军驶近时，日海军将领决定用六个岸炮阵地的火力击退朝鲜战舰的攻击，于是将全体船员撤到岸上。但龟船不易被击伤。朝鲜人在一天之内将日本人遗弃的100艘空船焚烧殆尽。当战斗发展到陆上时，朝鲜人发觉日本人拥有骑兵优势，便退到船上返回了基地。朝鲜的游击队、政府军和水军通过共同努力将敌人逐出了汉城，迫使日军向南方撤退。1593年4月底获得了整个北朝鲜解放。日本人被迫要求和谈，企图赢得时间为新的入侵做准备。1597年初，日本重新开始进攻，但未得手。这时，中国当时政府认识到日本作事的危险性，于是派出了14万军队入朝援助朝鲜军队和人民义勇军作战。此时，朝鲜水军也得到了加强(已有5000余人)。日军撤向釜山，后被封锁在朝鲜南部一些港口。1598年10月18日，李舜臣统率的水军在露梁津湾截住了500多艘企图从朝鲜运走残余部队的日本军舰，并击毁近200艘。在此次交战中，日本损失1万余人。历时7年的朝鲜人民卫国战争以彻底赶走了日本侵略者而胜利结束。这次战争对朝鲜的发展影响极大。在战争过程中，朝鲜在陆军和水军的军事战术上都得到了进一步的发展。